Sebagai Holding Company dari PT Pertamina EP Cepu (PEPC), PT Pertamina (Persero) menjalankan bidang penyelenggaraan usaha energi yang terintegrasi mulai dari hulu hingga hilir. Dalam kapasitasnya sebagai holding company di bidang energi, pada tahun 2020 sesuai Keputusan Menteri BUMN tanggal 12 Juni 2020, PT Pertamina (Persero) melakukan transformasi Organisasi secara keseluruhan membentuk sebuah Holding – Sub-Holding, sehingga secara umum focus bisnis Pertamina adalah menjalankan kegiatan pengelolaan portofolio dan sinergi bisnis di seluruh Pertamina Grup, mempercepat pengembangan bisnis baru, serta menjalankan program-program nasional.
Sementara itu, sejumlah kegiatan yang sebelumnya merupakan kegiatan-kegiatan bisnis utama Perusahaan akan dijalankan oleh sub-holding yang telah terbentuk. Sub-holding ini akan menjalankan peran, antara lain mendorong terwujudnya operational excellence melalui pengembangan skala dan sinergi masing-masing bisnis, mempercepat pengembangan bisnis dan kapabilitas bisnis existing serta meningkatkan kemampuan dan fleksibilitas dalam kemitraan dan pendanaan yang lebih menguntungkan perusahaan.
Berikut pemetaan peran sub-holding dari Pertamina Grup:
Dalam struktur organisasi pada bagan diatas, PT Pertamina EP Cepu berada di bawah struktur Organisasi Sub Holding Upstream. PT Pertamina Hulu Energi yang ditunjuk sebagai pemimpin Sub Holding Upstream yang menahkodai semua Perusahaan hulu di Pertamina yaitu Pertamina Hulu Rokan (PHR), Pertamina EP (PEP), Pertamina Hulu Indonesia (PHI), Pertamina EP Cepu (PEPC), Pertamina International EP (PIEP) dan 2 perusahaan yang bergerak di penunjang hulu migas yaitu PDSI dan Elnusa. Struktur Organisasi dari Sub Holding Upstream setelah go live Transformasi Organisasi pada tanggal 1 April 2021 dipetakan dalam bagan struktur organisasi berikut ini:
