Pertamina EP Cepu menjadi bagian Subholding Upstream yang dinahkodai oleh PT Pertamina Hulu Energi. Pertamina EP Cepu menjadi Regional 4 Indonesia Timur bertugas mengintegrasikan operasi 14 Entitas bisnis hulu dan 1 industri hilir yang berada di daerah Jawa bagian Timur, Sulawesi dan Papua.
Regional 4 Indonesia Timur terbagi menjadi 4 bagian Zona yaitu, Zona 11, Zona 12, Zona 13 dan Zona 14, dimana masing masing zona terbagi kembali menjadi beberapa wilayah kerja (WK) dan lapangan.
